Miasto powstało ok. tysiąca lat temu, w XI wieku, początkowo jako sezonowa osada Tuaregów, ludu saharyjskiego, który jako jedyny odważył się przemierzać Saharę w poprzek, od wybrzeży Morza Śródziemnego prawie do Zatoki Gwinejskiej. Timbuktu leży na granicy dwóch potężnych regionów, pustynnej Sahary i porośniętego sawanną Sudanu. Ten wąski, półpustynny pas ciągnący się od ujścia Senegalu, poprzez Timbuktu, kotlinę Bodele, wyżynę Darfur, po północną Erytreę, nosi nazwę Sahelu. To także styk dwóch wielkich regionów kulturowych, północnoafrykańskiego, arabskiego i berberyjskiego Maghrebu i Czarnej Afryki.